台湾马英九基金会人事争议持续发酵，前总统马英九星期一（4月13日）在临时董事会上说，基金会运作产生重大财政纪律问题，让他痛心疾首。
综合台湾《自由时报》和TVBS新闻网报道，针对有董事认为违反财政纪律的事，都是琐碎小事的报道，基金会在声明中说，律师在星期一董事会的报告中主张并非如此，他认为违反财政纪律的重大事证非常明确，绝非琐碎小事。
对于为何在这一天召开临时董事会，基金会解释这是因为董事薛香川早先说，星期一有关违反财政纪律案的三人调查小组可以全员到齐。
基金会称，与会的会计师也提出有关基金会的帐目调查报告，针对基金会内部调查事证中，出现来源不明的所谓“台商捐款”，会计师事务所表示并无入账纪录，如真有收受“台商捐款”，就有明显违反财政纪律的切确事证。
此外，也是基金会董事长的马英九在会议上发表谈话时说，星期一召开临时董事会，其中一个主要目的是指示董事会要新聘四位董事。另一个目的与针对萧旭岑、王光慈两名涉嫌违反财政纪律案的三人调查小组有关，就是要请小组将案件的调查进度说明清楚，案件查到哪里，就讲到哪里，让证据来说话，实话实说，不要隐瞒。
马英九强调，基金会过去这段时间发生的一些违反财政纪律案件，一定要调查清楚，应该秉持勿枉勿纵、公平公正的精神，“虽然二位当事人均已离职，我们不能作乡愿来息事宁人，但是如果当事人没有犯错，我们就应该还他们清白，如果当事人有犯错，就应该把事情彻底调查清楚”。
马英九也说，今年的1月中发现基金会的运作，已经产生重大的财政纪律问题，这令他痛心疾首，“因为‘清廉’是我做人做事最基本的原则。正因如此，我才主动找到本会高华柱董事、旧属金溥聪前国安会秘书长商量解决之道，后来才在2月25日召开会议，并要求萧旭岑、王光慈两位同仁辞职”。
他也强调，妻子周美青从来不介入他的公务，其他家人不能、也不会介入他的公务。
